HISAT2报错解决

报错信息:

  1. Error while flushing and closing output
    terminate called recursively
    terminate called after throwing an instance of ‘int’
    (ERR): hisat2-align died with signal 6 (ABRT) (core dumped)
  2. Error:Encountered internal HISAT2 exception (#1)

原因及解决方案:

  1. 硬盘不足,腾出空间即可,或者先把hisat2的已经运行完整的sam文件转为bam文件,可节约空间。
  2. 遇到此类报错,原因是输入了不能识别的参数,包括空格(多、少)、符号(短横线、双短横线、逗号等)。请仔细检查命令行的输入。
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