利用IGV判断测序是否为链特异性测序

起因

在学习RNA-seq的过程中,用以前的(2015年左右)生物信息分析流程的tophat和htseq等软件,需要在参数中指出建库类型,否则对结果产生较大的影响。

检索

通过百度,检索到可以用IGV基因组浏览器来鉴别

下载安装

点击进入下载页面
按个人情况选择平台进行安装

使用

准备

准备好自己所研究物种的参考基因组文件(xx.fa)、注释文件(xx.gtf/gff)和已经比对完成的bam文件。

载入文件

先载入基因组:

Genomes > Load Genome from File > 选定基因组文件
注意:可能需要建立索引,按文字指示操作就行

载入注释文件:

File > Load from File > 选定排序后的注释文件
注意:可能需要建立索引,按文字指示操作就行。必须要通过IGVtools排序,一样按文字指示操作

载入bam文件:

File > Load from File > 选定bam文件
注意:bam文件需要用 samtools index xx.bam来操作在同级目录下生成xx.bam.bai后才能被IGV浏览
到此文件载入完成。

选择合适位置查看

Tips(仅供像我一样的新手参考):

只需要放大倍数增大到正在查看的染色体区域有2500bp左右的倍数即可(仅供参考),或者是注释文件中的基因恰好能有一到两个在窗口之中即可
按顺序达到如下步骤:
利用IGV判断链特异性1.JPG
利用IGV判断链特异性2.JPG
上图按照igv 颜色选项中的read strand 方向进行区分,可以看到所有红色read都是在正链方向(注意正链不是正义链),而所有蓝色的read都是负链方向。
利用IGV判断链特异性3.JPG
可以看到同一个gene相关的read颜色还是混杂的,因为它并不是链特异性文库,所以不能分开first strand和second strand。
如果是链特异性建库、测序会出现:
利用IGV判断链特异性4.JPG

参考

1.链特异性测序及在IGV中的可视结果
2.用IGV判断NGS链特异性
3.链特异建库那点事

-------------本文结束 感谢您的阅读-------------
暖一下
ZJohnson wechat
扫一扫,领红包!
0%