前言

报错信息：

1. Error while flushing and closing output
   terminate called recursively
   terminate called after throwing an instance of ‘int’
   (ERR): hisat2-align died with signal 6 (ABRT) (core dumped)
2. Error:Encountered internal HISAT2 exception (#1)

   原因及解决方案：

3. 硬盘不足，腾出空间即可，或者先把hisat2的已经运行完整的sam文件转为bam文件，可节约空间。
4. 遇到此类报错，原因是输入了不能识别的参数，包括空格（多、少）、符号（短横线、双短横线、逗号等）。请仔细检查命令行的输入。

起因

在学习RNA-seq的过程中，用以前的（2015年左右）生物信息分析流程的tophat和htseq等软件，需要在参数中指出建库类型，否则对结果产生较大的影响。

起因

因学习需要，使用 samtools 0.19和HTSeq0.6.1p1，遇上几个不常见的报错信息。特做记录。

起因

学校服务器linux版本过低，想安装生物信息学软件未果，但在折腾过程中学到很过新的指令，记录在此以免忘记。

前言

GO是Gene ontology的缩写，是一系列用来描述基因、基因产物特性的语义（terms）。KEGG（ Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes），是一个系统分析基因产物在细胞中代谢途径的数据库，是一种最常用的代谢通路分析。

前言

DESeq2 是一款基于负二项分布的R包，对于 count data 进行处理，用于 RNA-seq 基因差异分析。

前言

HTSeq 是一款针对于有参考基因组的，分析高通量测序数据的Python库。
官网： HTSeq

前言

针对一般人类群体（以及有参考基因组的群体），HISAT2是一种快速灵敏的比对程序，用于绘制第二代测序序列（全基因组，转录组和外显子组测序数据）。是有参转录组常用的比对软件（无参常用bowtie2），HISAT2是TopHat2/Bowtie2的继任者，使用改进的BWT算法，实现了更快的速度和更少的资源占用。